مجازات‌های قصاص و دیه بطور کلی مشمول عفو رهبری قرار نمی‌گیرند؛ زیرا آنها دارای شاکی خصوصی هستند و می‌بایستی شاکی اقدام به گذشت کند. بعلاوه عفو رهبری در مجازات‌های تعزیریِ دارای شاکی خصوصی، راهی ندارد . بنابراین همه مجازات‌های تعزیری در صورتی که حق‌الناس نباشند مشمول عفو رهبری خواهند شد.
مجازات‌های حدی به جز قذف و محاربه، مشمول عفو رهبری قرار می‌گیرند. البته محکوم به مجازات حدی به شرطی از عفو خصوصی(عفو رهبری) می‌تواند استفاده کند که به جرم خویش اقرار کرده باشد و همچنین اظهار ندامت و توبه کرده باشد.
یکی از ویژگی‌های عفو رهبری، عدم زوال محکومیت کیفری است. بدین توضیح که اگر مرتکب، جرم جدیدی انجام بدهد باعث تکرار جرم می‌شود. همچنین عفو رهبر، تأثیری در حقوق زیان‌دیدگان نمی‌گذارد. بنابراین هرگاه مرتکب با انجام جرمی باعث خسارت به دیگری شود عفو تأثیری بر جبران خسارت ندارد.
به محض اعطای عفو، اگر حکم به اجرا درآمده باشد موقوف‌الاجرا می‌شود و اگر حکم به اجرا درنیامده باشد مانع اجرا آن می‌شود.
مرتکبین به اعدام که با استفاده از عفو، مجازات آنها به حبس ابد تبدیل شده به شرطی که حداقل 10 سال حبس را از تاریخ عفو قبلی تحمل کنند می‌توانند مجدداً درخواست عفو کنند.
ابتدا پس از تحمل 10 سال حبس، درخواست عفو آنها پذیرفته می‌شود و پس از آنکه حبس آنها به 15 سال تقلیل یافت با گذشت 5 سال از تاریخ عفو قبلی می‌توانند درخواست عفو کنند.
متهمان و محکومان حوادث اغتشاشات در صورتی مشمول عفو رهبری می‌شوند که اولاً جاسوسی به نفع اجانب نکرده باشند دوماً ارتباط مستقیم با عوامل سرویس‌های اطلاعاتی خارجی نداشته باشند سوماً مرتکب قتل و جرح عمدی نشده باشند چهارماً مرتکب تخریب و به آتش‌کشاندن تأسیسات دولتی، نظامی و عمومی نشده و همچنین شاکی خصوصی نیز نداشته باشند.
چه جرایمی که مشمول عفو رهبری نمی‌شوند؟ جرایم مربوط به مواد مخدر، جرم قاچاق مشروبات الکلی، جرایم علیه امنیت داخلی و خارجی، جرم قاچاق سازمان یافته و حرفه‌ای، مرتکبین خرید و فروش سلاح گرم، جرایم مربوط به اخلال عمده در نظام اقتصادی و مجرمینی که مراکز فساد و فحشا را دایر می‌کنند مشمول عفو رهبری قرار نخواهند گرفت.
